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红米K40手机设置短信密码保护可以通过以下步骤完成。
1、打开手机“设置”。
2、进入“应用锁”或“应用加密”选项（不同版本MIUI系统的名称可能略有不同）。
3、找到“信息”或“短信”应用，然后开启应用锁功能。
4、根据提示设置访问密码或指纹，完成后，进入短信应用时需要进行身份验证，即使别人拿到手机也无法直接查看短信内容，只能看到加密的提示。
也可以通过第三方应用来实现短信密码保护，如隐私保护、安全文件夹等应用，这些应用提供了更为详细的隐私保护选项，不同版本的MIUI系统设置路径可能存在差异，建议按照实际版本进行相应调整。
方法仅供参考，如果无法完成设置，建议咨询小米官方客服或前往小米售后服务。